Pepin käyttöliittymä muodostuu työpöydistä, jotka on suunniteltu eri käyttäjäryhmien tarpeisiin. Jokaisen työpöydän peruskäyttöoikeudet määräytyvät organisaation omien käyttäjäroolien perusteella. Käyttöoikeuksia voidaan tarvittaessa tarkentaa ja laajentaa järjestelmän käyttöoikeushallinnassa.