Pepin peruspalveluita voidaan laajentaa erilaisilla integraatioilla, jotka mahdollistavat tiedonsiirron Pepin ja muiden järjestelmien välillä. Korkeakoulut voivat toteuttaa integraatioita itse, ostaa niitä kaupallisilta toimijoilta tai hyödyntää muiden korkeakoulujen ratkaisuja.
Integraatioita hyödynnetään esimerkiksi opiskelijoiden mobiilisovelluksissa ja sähköisissä oppimisympäristöissä. Lisäksi Peppi tukee vakiomuotoisia integraatioita kansallisiin palveluihin, kuten Opintopolku.fi‑, OILI‑, Virta-opintotietopalveluun, opin.fi-palveluun sekä kansalliseen ristiinopiskelun palveluun (RIPA). Kaikki Peppiä käyttävät korkeakoulut voivat hyödyntää näitä integraatioita.