Ydin-Pepin tarjoamaa palvelutasoa voidaan täydentää integraatioilla. Integraatiot välittävät tietoa Pepin ja muiden palveluiden välillä. Korkeakoulut voivat tehdä integraatioita itse, tai hankkia niitä kaupallisilta toimijoilta tai toiselta korkeakoululta.
Integraatioita on hyödynnetty tiedon välityksessä esimerkiksi opiskelijan mobiilisovelluksiin, sähköisiin oppimisympäristöihin tai tenttipalveluun. Vakiomuotoiset integraatiot kansallisiin palveluihin, kuten Opintopolku.fi‑, OILI- tai Virta-opintotietopalveluun, ovat kaikkien Peppiä käyttävien korkeakoulujen hyödynnettävissä. Loppuvuonna 2020 valikoima täydentyy integraatiolla Kansalliseen ristiinopiskelun palveluun.